La Directive Habitats a pour objectif central la conservation durable des habitats naturels et habitats d'espèces d'intérêt communautaire.
Les informations collectées lors des phases de diagnostic écologique et socio-économique, ainsi que l'analyse des relations positives et négatives entre les différents éléments de diagnostic permettent de dégager les grands enjeux de la gestion à développer sur le site afin de répondre aux objectifs de conservation.
Ainsi les grands enjeux et objectifs du site Natura 2000 « Bassin du Thouet amont » sont :
ENJEU I - Maintenir la qualité de la ressource en eau sur le bassin amont du Thouet
ENJEU II - Maintenir, restaurer et gérer les habitats d'espèces d'intéret communautaire et la diversité écologique du bassin amont du Thouet
ENJEU III - Valoriser le patrimoine écologique du site Natura 2000 dans le respect des objectifs du Document d'objectifs
ENJEU IV - Suivi de la mise en œuvre du Document d'objectifs et suivi scientifique
Ces 4 enjeux centraux se déclinent ensuite en objectifs de gestion, précisant la voie à suivre pour répondre à ces enjeux :
ENJEU I
1. Réduire les apports de substances polluantes (physico-chimiques et organiques) au réseau hydrographique
2. Maintenir ou restaurer les systèmes naturels de filtration des eaux de ruissellement et de lessivage, et augmenter leurs surfaces sur le site Natura 2000
ENJEU II
1. Préservation des berges et de la ripisylve le long du Thouet et de ses affluents
2. Maintenir et restaurer les habitats de fond de cours d'eau
3. Contrôler les populations d'espèces proliférantes
ENJEU III
1. Développer la communication autour du site Natura 2000
ENJEU IV
1. Mettre en œuvre les actions du Document d'Objectifs et évaluer leurs résultats
2. Évaluer l'évolution du site Natura 2000 et de ses composantes (populations d’espèces d’intérêt communautaire, qualité de l’eau, occupation du sol).
Un travail de mise à jour du Docob est en cours pour prendre en compte les nouvelles espèces et habitats d’intérêt communautaire, ainsi que l’évolution des activités sur le site. Les enjeux et objectifs du Docob pourront évoluer si nécessaire pour répondre aux enjeux de conservation.