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L'application française

La mise en œuvre des actions pour atteindre les objectifs de préservation, de la faune, de la flore et des habitats, dans le cadre du réseau Natura 2000 est du ressort de chaque État.

La Commission européenne a laissé aux États membres le choix de la procédure à employer pour les modes de gestion à adopter.

En France

La France a opté pour la mise en place d’un système principalement basé sur le volontariat des acteurs locaux par le biais de la contractualisation. L’État français a privilégié cette voie contractuelle, sans pour autant exclure les autres moyens de protection (réglementaire, foncier, ...) pour éviter toute détérioration de site, dont il porte la responsabilité au regard du droit européen.

Pour chaque site Natura 2000, un Comité de Pilotage (Copil) représentant l'ensemble des acteurs locaux élabore le Document d'Objectifs (Docob), véritable plan de gestion pour le site. Ce Docob propose un ensemble de mesures de gestion qui peuvent être contractualisées avec les différents partenaires.

Le comité de pilotage réunit les gestionnaires et usagers du territoire, les collectivités territoriales concernées, les scientifiques, les associations de protection de la nature...